Лирический любовный характер, эротизм книги затрудняют возможность её иносказательного понимания. Однако многие тексты толкований Песни песней начинаются с проклятия тех, кто будет воспринимать книгу буквально — как любовное, эротическое произведение. В еврейской традиции основным смыслом Песни песней считается отношение Бога и еврейской общины.
Подобная символика комментаторов Песни песней использована христианами, начиная с апостола Павла, говорящего о браке Христа и Церкви (Еф 5:32). Также невеста из Песни песней считается прообразом Богоматери. Многие эпитеты и выражения, заимствованные из Песни песней («Запечатленный Источник», «Заключенный Виноград», «порока нет в Тебе» и так далее), используются в богородичных песнопениях и текстах богослужений на богородичные праздники. В богослужении католической церкви чтение Песни песней обязательно в праздник посещения Марией Елизаветы.
В Новом Завете исследователи находят около десяти аллюзий к Песни песней. В своём всецерковном послании «Бог это любовь» Папа Бенедикт XVI упоминает «Песнь всех Песней» используя её лиричиское и прямое трактование, в поддержку своего тезиса, о том что страсть и самопожертвование любящего это две половины истинной любви, желающей получать и дарующей.
